A continuación graban "...En Al-Hakim". La gira de este álbum supuso una vuelta a escena con un grupo renovado, ya que entró en el grupo Manuel Reyes, un batería cordobés.
Pensaron en grabar un disco en directo y lo hicieron en Leganés (Madrid). El disco se llamó "En directo" (1990), el cual recogió toda su historia musical hasta el momento.
En 1992 editaron "Sin Tiempo", en el que contaron ya con un nuevo bajista, Jose Miguel Fernández. Con dos de sus singles alcanzaron el oro y el platino.
Llegaron después nuevos discos como: "Donde está la luz" en 1993, "Árabe" en 1995, y en 1996 se grabaron varios directos con el objetivo de editar un doble cd en vivo como segundo recopilatorio de su historia hasta el momento y con algunos temas nuevos llamado "A toda esa gente". El tema que da título a este doble álbum es una canción dedicada a los fans del grupo cordobés.
En 1998 vio la luz "Tánger", un disco con raíces árabes y andalusís que fue grabado a caballo entre Tánger y Madrid en el que colaboró la orquesta marroquí de Taktuka Yeblía.
En 1999 debido al cumplimiento de 10 años de trabajo entre Medina y la discográfica Avispa, ésta editó un disco de "Baladas" a modo de homenaje al grupo. Pero al mismo tiempo comenzaba la grabación de un nuevo álbum con la colaboración de Manuel Ibáñez a los teclados. Ya en el año 2000, coincidiendo con el 20 aniversario del grupo como banda nacional, sacaron a la venta "XX" que contenía 14 temas nuevos e iniciaron una gira por España.
"Tierra de libertad" es el nuevo trabajo que Medina Azahara graba en 2001 con doce nuevos temas y una versión. Su siguiente disco se tituló "Versión original" en el que incluirán temas de "Triana", Miguel Ríos, "Módulos", "Realidad", "Flamenco" y "Los Salvajes", más dos temas inéditos. También sale a la venta un DVD de entrevistas, directos, making of y videoclips.
En 2003 sacan de nuevo un trabajo titulado "Aixa" con el que les darían 2 premios de la música, al mejor álbum de rock, y a la mejor canción con "Córdoba" (canción que contó con la colaboración de la Orquesta Sinfónica de Córdoba). También incluye una versión de "Wind of change" del grupo Scorpions, y la colaboración de Antonio Orozco en el tema "El vaivén del aire". Con este disco que crearon con el propósito de homenajear a la tierra que les acuna, Córdoba, recibieron el premio de "Cordobeses del año".
Llega el año 2005 en el que se cumplen 25 años de carrera musical, su 25 aniversario. Para dicha conmemoración Avispa saca al mercado un doble cd más un dvd bajo el título de "Medina Azahara, 25 años". Al mismo tiempo, sacan a la venta un álbum de temas nuevos, "La estación de los sueños" compuesto por trece canciones.
Al año siguiente, en 2006, la misma discográfica vuelve a sacar un recopilatorio de canciones, más dvd y contenido extra que incluye la canción "Niños" en inglés y cuatro canciones en grabación acústica.
Es llegado a este punto, en 2007, cuando termina el contrato entre el grupo y la discográfica. Los primeros son contratados ahora por Pias Spain. Con ésta, publicaron Se abre la puerta, un álbum homenaje al rock andaluz de la década de los 80, con siete versiones de canciones del grupo Triana, una de Alameda y tres de la primera época de los propios Medina Azahara. En este nuevo trabajo se produce el cambio en el bajo del grupo, saliendo Jose Miguel Fernández (actualmente en un grupo cordobés llamado "Hijos de leyenda" y entrando Pepe Bao (ex de Barón Rojo, Triana, O'funk'illo).